このセンターは行政や特定の団体・企業から独立した運営を確保し、将来は特定非営利活動法に基づく 特定非営利活動法人をも視野に入れ、責任ある組織によって運営します。

運営方針や具体的な事業内容については自主的かつ主体的に決定できる組織形態とします。 そのためには各団体のニーズの変化にも対応できるような柔軟な組織とし、 センターを利用する団体の意向を十分に反映した利用者本位の体制をとります。

理事会は有識者、出資者ならびに設立当初のコアメンバーによって構成し、 設立当初はセンター長が理事長を兼任することします。同時に各理事も事業部スタッフを兼任することがあります。

事務局は、事務局長、経理担当、事業部マネージャーで構成しますが、当面は主に設立時のスタッフ・ボランティアなどで構成します。